تلاش طالبان برای ایجاد دولت جدید در افغانستان در حالی ادامه دارد که این گروه با چالش های متعددی برای تثبیت قدرت خود مواجه است. از جمله مهمترین چالش های طالبان می تان به موارد زیر اشاره کرد:
- جبهه های ناآرام در شمال افغانستان به خصوص پنجشیر؛
- تظاهرات عمومی علیه احتمال بازگشت به قوانین افراطی به ویژه از سوی زنان و جوانان؛
- تعطیلی وزارتخانه ها و نامشخص بودن آینده اداره آنها؛
- در پیش بودن بحران انسانی به واسطه مشکلات اقتصادی؛
- تشدید احتمالی فعالیت های داعش خراسان با تحریک بازیگران خارجی؛
- مداخله جویی و سهم خواهی برخی از همسایگان و کشورهای منطقه در امور داخلی افغانستان؛
- وجود شکاف های متعدد در میان اعضای طالبان و دربرگیری طیف های مختلف قومیتی و مذهبی؛
- مسئله شناسایی بین المللی امارت اسلامی به عنوان حکومت جدید افغانستان.
- به ارث بردن یک اقتصاد شکننده و وابسته به کمک خارجی که در آن حدود ۹۰ درصد مردم زیر خط فقر زندگی می کنند.
اگر چه طالبان امروز نسبت به حکومت پیشین دارای سازمانی قوی تر و منسجم تر است اما ایجاد ساختار سیاسی فراگیر که با مشروعیت داخلی و بین المللی مواجه باشد، امری دشوار است. همچنین تداوم دریافت کمکهای خارجی که پیش از این بخش عمده ای از بودجه دولت مورد حمایت غرب را تشکیل می داد، تقریبا ناممکن است. با متوقف شدن ورود سیل دلارهای آمریکا به افغانستان پس از 20 سال، کمبود نقدینگی این کشور احتمالا به اوج خواهد رسید. از سوی دیگر با نزدیک شدن فصل زمستان، مشکلاتی مانند کمبود غذا، بیماری و فرار پناهندگان وخیم‌تر خواهد شد.